Program Magister Pendidikan Biologi (S-2) berada di bawah Jurusan Pendidikan MIPA FKIP Universitas Riau. Izin penyelenggaraan Program Magister Pendidikan Biologi (S-2) tertuang dalam Surat Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor: 373/KPT/I/2016, tanggal 13 September 2016 tentang Pembukaan Program Magister Pendidikan Biologi pada Universitas Riau di Pekanbaru.
Operasional Program Magister Pendidikan Biologi (S-2) dilaksanakan setelah diterbitkannya SK Rektor Universitas Riau Nomor: 141/UN19/KP/2017, tanggal 4 Januari 2017 tentang Pengangkatan Koordinator Program Magister Pendidikan Fisika dan Program Magister Pendidikan Biologi pada FKIP UR Periode 2017-2021. Selanjutnya diterbitkan SK Rektor Universitas Riau Nomor: 37/UN19/KP/2017, tanggal 24 Januari 2017 tentang Penetapan Home Base Dosen pada Program Magister Pendidikan Biologi FKIP UR serta SK Rektor Universitas Riau Nomor: 37/UN19/KP/2017, tanggal 24 Januari 2017 tentang Penetapan Kurikulum pada Program Magister Pendidikan Biologi FKIP UR.
Program Magister Pendidikan Biologi (S-2) menerima mahasiswa baru angkatan pertama pada semester Genap 2016/2017 dengan jumlah pendaftar sebanyak 32 orang dan diterima 26 orang. Mahasiswa baru angkatan kedua untuk semester Ganjil 2017/2018 dengan jumlah pendaftar sebanyak 20 orang dan dinyatakan lulus sebanyak 19 orang.